Farvandsvæsenet var indtil 3. oktober 2011 en myndighed under Forsvarsministeriet.
Farvandsvæsenet leverede de informationer, der skal bruges i forbindelse med sejlads f.eks. navigationsadvarsler og prognoser for tidevand og havstrøm. Farvandsvæsenet etablerede grundlaget for søkort gennem måling af havdybder og drev navigationssystemer. De etablerede og vedligeholdte afmærkning såsom fyrene og den flydende afmærkning.
Farvandsvæsenet var endvidere myndigheden, der gav tilladelser eller afslag på ønsker om nye afmærkninger i de danske farvande. Søfarende der havde brug for hjælp til at sejle sikkert gennem de danske farvande, kunne hjælpes af stedkendte lodser i DanPilot. Ved uheld til søs, kunne der afsendes hjælp fra Kystredningstjenesten, der også hørte under Farvandsvæsenet.